本发明公开了一种平阳霉素及其同族化合物的铜螯合物的纯化方法，将单分散聚苯乙烯/二乙烯基苯层析介质单独使用或者与单分散聚甲基丙烯酸酯混合型阳离子交换层析介质组合使用，作为填料进行层析。本发明克服了原工艺周期长效率低、产品纯度低的不足，得到高纯度的平阳霉素及其同族化合物的铜螯合物，纯度用HPLC方法测定，按面积百分比计，达到97%以上。将所述铜螯合物进一步经脱铜后，即得到高纯度的平阳霉素及其同族化合物，提高了临床用药的安全性。