本发明所提供的一种基于SCARA机械手的运动轨迹规划方法及系统，方法包括：上位机接收用户的操作指令，设置SCARA机械手的轨迹规划方式以及与所述轨迹规划方式对应的运动参数，并将轨迹规划方式和运动参数发送至SCARA机械手的运动控制器；运动控制器根据所述轨迹规划方式对应的算法对SCARA机械手的实际运动轨迹进行运算，得到SCARA机械手的实际运动轨迹信息，并将所述实际运动轨迹信息发送至SCARA机械手；SCARA机械手接收实际运动轨迹信息，并根据实际运动轨迹信息进行运动。本发明具有直线插补，圆弧插补，飞行捕捉三种不同运动轨迹算法，具有响应快，精度高特点。