本发明实施例公开了一种PLC程序设计方法和系统，以解决PLC程序设计没有层次，子功能与子功能的交互部分逻辑关系不清楚，同一行逻辑判断变量过多，程序易读性与维护性差的问题。所述方法包括构建系统逻辑层，用于编辑系统逻辑控制，维护系统状态变迁，并根据当前状态输出激活相应流程的指令；构建流程控制层，用于根据所述系统逻辑层的输出，选择合适的流程控制器控制相应流程；构建流程实现层，用于根据选择的流程控制器中管辖的具体流程执行相应动作。填补编写PLC程序时无统一设计架构的空白，增加程序的可读性、可维护性和可测试性，提高程序质量，减少了逻辑关系判断的步骤，实现PLC控制的逻辑关系判断与动作输出相分离。