本发明公开了一种O-烷基氨基甲酸酯壳聚糖的制备方法，并公开了一种由其作为载体的三元转基因复合物微粒。本发明通过壳聚糖氨基的邻苯二甲酰亚胺化、壳聚糖与烷基胺的偶联和壳聚糖氨基的脱保护等反应制备O-烷基氨基甲酸酯壳聚糖，实现了对壳聚糖重复单元C6位羟基的选择性修饰，同时保留了壳聚糖具有生物活性功能的自由氨基，且以C8-C20的直链烷基胺为烷基供体，得到酸敏感氨基甲酸酯键为连接键的烷基氨基甲酸酯壳聚糖，以其为载体制备的三元转基因复合物微粒具有细胞毒性低，转染效率高的转染特点，在基因治疗领域具有广阔的应用前景。