多功能模块融合蛋白及其在提高蛋白质类药物口服生物利用度中的应用，属于生物技术制药及基因工程技术领域。多功能模块融合蛋白由小肠闭锁开启模块、连接肽模块、特定酶解位点模块、蛋白质药物分子模块pH依赖组装-去组装肽模块组成。其中各功能模块的排列顺序可以依据具体的蛋白质药物分子模块的空间结构特点进行调整，且其中连接肽模块和特定酶解位点模块的数目和位置可以根据蛋白质药物模块的结构性质和操作人员的意愿进行灵活选择。该多功能模块融合蛋白在体内依据自身结构和蛋白质的理化性质实现目标蛋白质药物分子的保护、定点释放及辅助蛋白质药物透过小肠黏膜，提高蛋白质类药物的口服生物利用度。