本发明提供一种高水头船闸分散输水系统，包括船闸闸室、输水主廊道、分流口、输水支廊道、消力池、出水孔、消能盖板，输水支廊道的侧壁设有多个进入消力池的分流孔，消力池内设有消力墩、消力梁，消力池顶部设有多个进入船闸闸室内的出水孔，每个出水孔上部设有消能盖板。该输水系统在其闸室内出口区域具有内部消力池与外部消能盖板的两套消能系统，较现有一系列分散输水系统型式可更多的消减进入闸室内水体能量，从而改善闸室内船舶停泊条件，进而简化输水系统型式，提高船闸运行水头。