使用Bayesian系统发生树分析、祖先序列重建和协方差分析的本发明的方法提供了包括被称为Bole1a和Bole1b的1a和1b基因组的合成的代表性的HCV亚型。Bole1a集中分支在用于其设计的390条全基因组序列、谨慎组织的143条序列全基因组数据集和包括来自Baltimore定群的214条E1E2序列的独立的组的单独的基因组区中。Bole1a是广泛流行的毒株的系统发生代表。全基因组非同义多样性比较和9‑mer肽覆盖分析显示Bole1a能够比包括传统的参考序列H77的数据集中任何其他序列提供更多的覆盖（分别地94%和78%）。当与所有已知的T细胞表位相比时，Bole1a还提供了无与伦比的表位覆盖。