本发明公开了一种利用耐镉真菌在镉污染土壤中进行生态修复的方法，涉及微生物生态修复技术。本方法是：①将耐镉真菌分离纯化；②将耐镉真菌鉴定；③确定耐镉真菌最适生长条件；④耐镉真菌修复基质制备；⑤修复镉污染土壤。本发明利用镉污染地区优势植物的根际土壤作为耐镉微生物筛选的来源，克服了筛选出的耐镉微生物对修复地土壤环境的适应性问题；应用既有一定能力耐镉性，又与耐镉真菌有兼容性的狗牙根，克服了植物-微生物间的排斥作用；将耐镉真菌接种到锯末中进行施用，确保了微生物生长的养分供应，有效利用了废弃物；成本低廉、操作简便，微生物生长迅速，可大规模繁殖。