本发明公开了一种利用普通发酵罐制备微生物发酵前包被微胶囊的方法。该方法包括：囊材溶液的配制，水相混合液的配制，油相混合液的配制，沉降剂的配制，微胶囊的制备及包被后培养等步骤。通过该方法可以制得直径为100-400微米的微胶囊，且微胶囊球形度良好，产品得率95%以上。本发明创新点在于在不经过任何改造的基础上用常规发酵罐进行微胶囊制备和发酵，真正实现了益生菌微胶囊的大规模生产，并且产品得率、球形度和分散性均优于现有工业化发酵前包被生产方法。本发明适应于饲料、食品、医药等多个领域微生物微胶囊的制备。