本发明公开了一种深厚软土地基桥台施工方法，包括以下步骤：一）形成桥台陆域施工区；二）对桥台陆域施工区进行一次软基处理—真空覆水预压处理；三）桥台桩基施工和承台施工；四）对桥台陆域施工区进行二次软基处理—复合地基处理；五）在桥台后回填填料；六）完成桥台混凝土结构的施工。本发明通过二次软基处理，降低了桥台后道路的工后沉降，减少了道路与桥台结构的沉降差异，可以避免“桥头跳车”现象的出现；本发明简便易行、效率高、便于控制工程质量、安全可靠，能够节省人力、物力和财力。适用于地基承载力低的地区。