本发明公开了提高金霉素产量的方法及其重组表达载体和基因工程菌，通过利用FADH2依赖型氯化酶基因ctcP和FAD还原酶基因ctcQ构建重组表达载体，将重组表达载体转化至金色链霉菌（Streptomycesaureofaciens）中获得高产金霉素的基因工程菌株，获得的工程菌株通过超量表达FADH2依赖型氯化酶基因ctcP和FAD还原酶基因ctcQ打破金霉素合成途径中氯代反应的瓶颈，从而提高金色链霉菌中金霉素的产量；该菌株的获得为提高金霉素产量、降低金霉素生产成本奠定了基础。