水稻生态专用肥及其施用方法，属于肥料技术领域。该水稻生态专用肥包括基蘖肥和穗肥，该施用方法包括以下步骤：播种至分蘖期，每亩水稻田分1～3次施基蘖肥45～55公斤；幼穗分化期，每亩水稻田施穗肥15～25公斤。本发明的水稻生态专用肥根据水稻的生长特点和需肥特性设计，通过调整大量元素NPK的比例，添加水稻生长特异性微量元素、抗硝化抑制剂等化学药品，在满足水稻在整个生长期内对主要营养元素和微量元素的需求外，通过增强肥效提高肥料利用效率增产增收。本发明的施用方法，根据水稻生育中有两个需肥高峰期而设计，施用方法科学合理，便于水稻吸收的同时，降低了施用成本。