本发明公开了一种检测FIP1L1-PDGFRA融合基因mRNA水平的试剂盒。该试剂盒含有用于实时定量PCR检测FIP1L1-PDGFRA融合基因mRNA的上游引物I、下游引物I和TaqMan探针I；所述上游引物I为序列表序列1、2、3、4和5所示五种单链DNA中的至少一种；所述下游引物I为序列表序列7和8所示两种单链DNA中的至少一种；所述TaqMan探针I为序列表序列9和10所示两种单链DNA中的至少一种。本发明试剂盒具有快速、简便等检测优点，一次实验即可覆盖常见类型的FIP1L1-PDGFRA融合基因，同时还可获得其mRNA水平。本发明可用于对临床表现为嗜酸细胞增多的患者进行FIP1L1-PDGFRA融合基因筛查、疗效评价，还可用于监测微小残留病。