本发明公开了一种酶催化酯化分子蒸馏精制辣椒红色素的方法，包括如下步骤：将质量比1∶1～1∶10的辣椒红油树脂和脱胶剂混合，在温度20℃～60℃，100～800转/分钟搅拌；均匀后，在0～5℃静置或间歇搅拌沉降；沉降5～20小时后，在真空条件下，抽滤得到滤液，滤液经分离，得到脱胶色素液；向脱胶色素液中加入脂肪酶和水，混合均匀，反应温度30～60℃，搅拌50～300转/分钟；反应2～10小时后，脱水1～3小时；过滤脂肪酶，将色素液减压回收溶剂，得到含辣椒红色素的脂肪酸酯溶液；该脂肪酸酯溶液经两级分子蒸馏，制得高色价辣椒红色素。本发明工艺简单、产品含量高，丙酮不溶物少、生产成本低，适合于工业化生产。