本发明的步进光刻机对准系统的模板图像获取方法，主要通过使用边框的初步裁剪过程和使用标靶的二次裁剪过程获取最终的标记模板图像。本发明获取的最终的标记模板图像的中心点位置与实标记中心点位置偏差较小，在1个象素点以内，在步进光刻机对准系统中使用该标记模板图像做匹配模板图像时，对准系统更能精确的获得标记位置，偏差也较小，仅为几个微米的误差，这样能够提高光刻机第一次工艺试验中对准的精度，并且减少工艺试验的次数，实现掩模和曝光对象之间的精确对准，提高工作效率。