本发明提供一种Windows应用程序虚拟化的实现方法。该方法包括：根据配置文件，截获应用程序在运行过程中调用的与系统注册表有关的第一系统调用，重写所截获的第一系统调用，并使用重写后的系统调用将私有注册表和系统注册表进行融合，形成虚拟注册表；根据配置文件，截获应用程序在运行过程中调用的与文件操作有关的第二系统调用，获取文件所属的空间，并根据系统空间、软件空间和用户空间相互之间的路径映射关系，返回与操作所述文件的操作类型相适应的路径信息，然后，根据路径信息对文件进行操作。本发明技术方案降低了应用程序与操作系统的耦合度，降低了运行在同一操作系统中的应用程序间的干扰。