本发明的目的在于提供一种处理船舶舱底含油污水及制备其除污用磁性活性炭的方法，其中一种处理船舶舱底污水的方法是：在混合池内投加磁性活性炭，通过高梯度磁过滤器过滤截留舱底污水中的悬浮颗粒和已吸附部分油的磁性粉末活性炭，在超滤膜反应池中投加磁性粉末活性炭，通过磁性粉末活性炭和超滤膜联合除油；一种磁性活性炭的制备方法是：将粉末活性炭用清水浸泡不小于24小时后取出，在不小于105℃下干燥2小时；然后将其和四氧化三铁颗粒在室温条件下超声分散1小时，经筛网过滤后，在不小于105℃下干燥2小时。本发明在超滤膜表面形成更加疏松的泥饼层，大大改善了可过滤性，提高了膜通量，可有效防止膜污染。