本发明提供了一种酶法水解酪蛋白的方法，其中是利用复合酶技术水解酪蛋白降低其过敏原含量，所述的方法包括步骤：将欲进行酶解的酪蛋白溶解成酪蛋白溶液，先添加碱性蛋白酶进行水解，然后再添加胰蛋白酶进行水解，控制最终水解产物的水解程度为10％～20％。本发明还提供了按照所述的方法制备得到的酪蛋白水解产物。按照本发明的方法所得酪蛋白水解产物中分子量在180～1000Dal的寡肽含量为50～90％，该水解产物吸收性好，且过敏原含量低，与原料相比过敏原含量降低99％以上。