本发明提供一种嗜热嗜酸菌及低品位原生硫化铜矿微生物分段浸出工艺，工艺包括以下步骤：(1)、将嗜温嗜酸菌、中等嗜热嗜酸菌、嗜热嗜酸菌，经驯化及放大培养，获得适应性浸矿菌株；(2)、将矿石粉碎后筑堆，并在堆内埋设温度探头；(3)、筑堆后的矿石首先用稀硫酸溶液喷淋，中和矿石中的碱性脉石；(4)、将(1)中放大培养的嗜温嗜酸菌、中等嗜热嗜酸菌、嗜热嗜酸菌根据堆内温度的升高以喷淋或滴淋的方式分别加至堆筑好的矿堆上；(5)、浸出工序中出来的浸出液送至金属回收工序。本工艺利用浸矿菌氧化硫化矿物产生热量，逐步提高矿堆内部温度，通过分段加入嗜温嗜酸菌、中等嗜热嗜酸菌和嗜热嗜酸菌，可实现低品位原生硫化铜矿的高温堆浸，提高原生硫化铜矿的浸出率。适用于开发低品位原生硫化铜矿资源。