本发明提供了中分子量羟乙基淀粉的洁净生产方法，具体涉及用于血浆扩容剂的化学原料药羟乙基淀粉200/0.5和羟乙基淀粉130/04精制工艺中的洁净生产方法。细菌内毒素是导致临床输液热原反应的关键毒性物质。羟乙基淀粉原料药细菌内毒素超限，很容易导致制剂最终产品羟乙基淀粉注射液中细菌内毒素超限，不合格率升高。本发明方法通过洁净条件下的净风喷雾干燥、高温条件下微生物控制、设备在线清洗消毒等必要工艺条件控制，所得最终产品的细菌内毒素指标质量明显优于现行国家药品质量标准。同时提供了原料药不经微过滤直接配制制剂方法的必要条件，有助于制剂不溶性微粒指标的合格，缩短了最终制剂工艺流程，减少污染的机率。