本发明公开了一种如式I所示的含氟基和环氧基团的聚硅氧烷及其制备方法与应用。本发明首先通过将环氧烃基硅烷、氟烃基硅烷和有机溶剂混合均匀，得到溶液A；将水、催化剂和有机溶剂混合，得到溶液B；将溶液A加热至50～120℃，溶液B以每毫升70秒的速度往溶液A中进行滴加；滴加完毕后，继续于50～120℃反应3～48h，冷却，除去溶剂制得含氟基和环氧基团的聚硅氧烷。该聚硅氧烷与固化剂固化或与环氧树脂复合用于LED封装材料。该聚硅氧烷与环氧树脂进行复合制备LED封装材料，可有效地改善体系的耐热性、耐候性、化学稳定性、吸水性及疏水防污等特性，是有机硅氟在LED封装材料领域研究的新方向。