本发明属于生物医药技术领域，涉及密码子优化的艰难梭菌外毒素A羧基端基因片段及其核酸疫苗。该密码子优化基因序列兼顾了哺乳动物细胞和大肠杆菌密码子使用偏好，所涉及的艰难梭菌疫苗由密码子优化的外毒素A羧基端基因序列和真核表达载体pJW4303组成。经密码子优化后的艰难梭菌外毒素A羧基端基因片段，不但可以用于构建核酸疫苗，在免疫哺乳动物后有效地刺激了宿主的免疫系统，产生了较好的体液免疫反应，而且也适用于在大肠杆菌中对其进行蛋白的原核表达，为以后该蛋白的大量获取奠定了基础。