本发明有关于一种制备生物柴油的连续式系统及方法，该制备生物柴油的连续式方法包括以下步骤：(a)将液态醇加压及加热至亚临界态或高压液态；(b)利用-连续式萃取模块进行连续萃取，其中该连续式萃取模块具有多数个萃取槽，所述萃取槽用以接收亚临界态或高压液态醇，并对萃取槽内的油脂原料进行萃取，以取得萃取产物；(c)将萃取产物进行转酯化，以得到转酯化产物；及(d)分离转酯化产物，以得到生物柴油。本发明制备生物柴油的连续式系统及方法利用亚临界态或高压液态醇类萃取油脂及以超临界醇类转酯化制备生物柴油，且是经由连续式萃取模块及方法进行萃取，因采用相同醇类进行萃取与转酯化程序，可简化工艺、节省人力与能源。