公开(公告)号：CN103810200B

公开(公告)日：2016-03-30

申请号：CN201210451907.0

申请日：2012-11-12

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 迟浩 ,  孙瑞祥 ,  王乐珩 ,  张文力 ,  贺思敏

IPC: G06F17/30

Abstract: 本发明有关于一种开放式蛋白质鉴定的数据库搜索方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，输入蛋白质序列，模拟切分每一条蛋白质序列，并将所有生成的子序列按照质量排序，生成肽序列数据表，并根据该肽序列数据表建立索引文件；步骤2，输入质谱图，对每张质谱图，提取谱峰生成查询集合，查询所述索引文件，得到序列集合；步骤3，对每张质谱图及其对应的序列集合，根据修饰组合，生成候选肽段并打分；步骤4，对打分结果进行整合，并进行肽段到蛋白质的推断，得到鉴定结果。本发明允许用户不指定酶切和修饰的类型，或指定其中的任意类型进行蛋白质鉴定，用于解决任意类型的酶切和修饰的鉴定问题。

公开(公告)号：CN103810200A

公开(公告)日：2014-05-21

申请号：CN201210451907.0

申请日：2012-11-12

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 迟浩 ,  孙瑞祥 ,  王乐珩 ,  张文力 ,  贺思敏

IPC: G06F17/30

CPC classification number: G06F19/18

Abstract: 本发明有关于一种开放式蛋白质鉴定的数据库搜索方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，输入蛋白质序列，模拟切分每一条蛋白质序列，并将所有生成的子序列按照质量排序，生成肽序列数据表，并根据该肽序列数据表建立索引文件；步骤2，输入质谱图，对每张质谱图，提取谱峰生成查询集合，查询所述索引文件，得到序列集合；步骤3，对每张质谱图及其对应的序列集合，根据修饰组合，生成候选肽段并打分；步骤4，对打分结果进行整合，并进行肽段到蛋白质的推断，得到鉴定结果。本发明允许用户不指定酶切和修饰的类型，或指定其中的任意类型进行蛋白质鉴定，用于解决任意类型的酶切和修饰的鉴定问题。