公开(公告)号：CN111680797A

公开(公告)日：2020-09-18

申请号：CN202010381206.9

申请日：2020-05-08

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 邢晶 ,  陈非 ,  卜东波 ,  马灌楠 ,  段勃 ,  王晨阳 ,  高艳珍 ,  魏征 ,  谭光明

IPC: G06N3/12

Abstract: 本发明实施例提供了一种DNA活字印刷机、基于DNA的数据存储设备和方法，所述DNA活字印刷机包括：PCR反应区，用于通过PCR反应将获取的多种DNA活字序列按序连接为表示二进制信息的DNA序列，其中，每种DNA活字序列是根据预定的映射规则预先合成的单链DNA片段，所述预定的映射规则用于定义特定的多位二进制码与特定的碱基序列之间的映射关系，每个单链DNA片段中包含与某个特定的多位二进制码对应的碱基序列；PCR产物纯化区，用于对经过PCR反应的产物进行纯化；机械臂；以及机械臂控制模块，用于控制所述机械臂以获取所述DNA活字序列，以及控制所述机械臂作为PCR反应区的产物和PCR产物纯化区的产物的转移工具，本发明能够提供高效和高性价比的DNA存储。

公开(公告)号：CN104951673B

公开(公告)日：2018-03-30

申请号：CN201510346396.X

申请日：2015-06-19

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 卜东波 ,  许情 ,  陈挺 ,  孙世伟 ,  李帅成 ,  刘兴武 ,  张仁玉 ,  王超

IPC: G06F19/24 ,  G06F19/22

Abstract: 本发明涉及分子生物学领域的基因组序列拼接领域，本发明提出一种基因组酶切图谱拼接方法及系统，该方法包括对所述基因组酶切图谱中基因序列分子进行预处理操作，获取新基因序列分子，将所述新基因序列分子切成FLES片段，其中所述FLES片段为片段总长固定且无需具有相同酶切位点数目的基因片段；对所述FLES片段进行聚类，生成代表FLES集合，根据所述代表FLES集合对所述基因序列分子进行纠错；根据所述代表FLES集合与纠错后的所述基因序列分子，构建FLES图，对所述FLES图进行路径搜索，获取所述FLES图的汉密尔顿路径为所述基因组的酶切位点序列，以完成基因组酶切图谱拼接。本发明能够快速、准确地构建基因组的酶切位点图谱。

公开(公告)号：CN104951672B

公开(公告)日：2017-08-29

申请号：CN201510346970.1

申请日：2015-06-19

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 卜东波 ,  张仁玉 ,  陈挺 ,  李帅成 ,  孙世伟 ,  刘兴武 ,  许情 ,  郑全刚 ,  王超

IPC: G06F19/22

Abstract: 本发明涉及生物信息技术和计算生物学领域，特别涉及一种第二代、三代基因组测序数据联用的拼接方法及系统，该方法包括获取第二代基因组测序数据，通过所述第二代基因组测序数据中部分碱基序列reads的质量信息，对所述第二代基因组测序数据进行预处理，构建de Brui jn图；对所述de Brui jn图进行测序错误处理，生成新的de Brui jn图，对所述新的de Brui jn图进行压缩，生成压缩de Brui jn图，获取所述压缩de Brui jn图中压缩边的序列重数；获取第三代基因组测序数据，将所述第三代基因组测序数据回帖到所述第二代基因组测序数据的单分子图gapped fragments上，通过最优排布拆解压缩de Brui jn图，并填充最优排布之间的空隙，以完成基因组测序数据的拼接。

公开(公告)号：CN104951673A

公开(公告)日：2015-09-30

申请号：CN201510346396.X

申请日：2015-06-19

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 卜东波 ,  许情 ,  陈挺 ,  孙世伟 ,  李帅成 ,  刘兴武 ,  张仁玉 ,  王超

IPC: G06F19/24 ,  G06F19/22

Abstract: 本发明涉及分子生物学领域的基因组序列拼接领域，本发明提出一种基因组酶切图谱拼接方法及系统，该方法包括对所述基因组酶切图谱中基因序列分子进行预处理操作，获取新基因序列分子，将所述新基因序列分子切成FLES片段，其中所述FLES片段为片段总长固定且无需具有相同酶切位点数目的基因片段；对所述FLES片段进行聚类，生成代表FLES集合，根据所述代表FLES集合对所述基因序列分子进行纠错；根据所述代表FLES集合与纠错后的所述基因序列分子，构建FLES图，对所述FLES图进行路径搜索，获取所述FLES图的汉密尔顿路径为所述基因组的酶切位点序列，以完成基因组酶切图谱拼接。本发明能够快速、准确地构建基因组的酶切位点图谱。

公开(公告)号：CN1270258C

公开(公告)日：2006-08-16

申请号：CN02157881.8

申请日：2002-12-20

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 谭建龙 ,  卜东波 ,  张鑫 ,  余智华 ,  郭莉

IPC: G06F17/22 ,  G06F17/00 ,  G06F11/00 ,  G06F12/14

Abstract: 本发明是一种基于快速内容分析的多关键词匹配方法。该方法根据关键词中的每个字符的出现频率，构建哈夫曼编码，再转化成整数编码，形成检测表，再通过计算直接跳跃距离来加快匹配速度，从而从整体上提高多关键词匹配的速度。与传统的文件内容分析相比，本发明的特点是：针对大量短关键词集合设计了一种新的基于哈夫曼编码的多关键词匹配算法(Huff-Match)。使用这种新算法，提高了内容分析系统的性能。本发明适用于高性能网络信息过滤、入侵检测、信息监控、病毒检测等领域。