公开(公告)号：CN105787296A

公开(公告)日：2016-07-20

申请号：CN201610100159.X

申请日：2016-02-24

Applicant: 厦门大学

Inventor： 王颖 ,  廖伟楠 ,  刘暾东

IPC: G06F19/22

CPC classification number: G06F19/22

Abstract: 一种宏基因组和宏转录组样本相异度的比较方法，涉及信息和生物技术。生成样本的tuple频度向量，对样本中出现的长度为1～10的tuple的频度进行统计，并生成相应样本的频度向量；计算tuple的马尔克夫概率，基于变阶次马尔克夫模型估计频度向量中每一个tuple的马尔克夫概率；生成样本间相异度矩阵，计算各个样本频度向量间的距离，生成一个样本间的相异度矩阵；生成聚类树，根据相异度矩阵生成一个聚类树。无需人工选择马尔克夫阶次，能根据数据特效自动地选择马尔克夫阶次；对宏基因组和宏转录组数据的聚类效果明显优于定阶次马尔克夫模型的聚类效果。

公开(公告)号：CN105787296B

公开(公告)日：2018-07-17

申请号：CN201610100159.X

申请日：2016-02-24

Applicant: 厦门大学

Inventor： 王颖 ,  廖伟楠 ,  刘暾东

IPC: G06F19/22

Abstract: 一种宏基因组和宏转录组样本相异度的比较方法，涉及信息和生物技术。生成样本的tuple频度向量，对样本中出现的长度为1～10的tuple的频度进行统计，并生成相应样本的频度向量；计算tuple的马尔克夫概率，基于变阶次马尔克夫模型估计频度向量中每一个tuple的马尔克夫概率；生成样本间相异度矩阵，计算各个样本频度向量间的距离，生成一个样本间的相异度矩阵；生成聚类树，根据相异度矩阵生成一个聚类树。无需人工选择马尔克夫阶次，能根据数据特效自动地选择马尔克夫阶次；对宏基因组和宏转录组数据的聚类效果明显优于定阶次马尔克夫模型的聚类效果。