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公开(公告)号：CN117347466A
公开(公告)日：2024-01-05
申请号：CN202311261883.7
申请日：2023-09-27
Applicant: 中国科学院生物物理研究所 , 中国科学院计算技术研究所
IPC: G01N27/62
Abstract: 本公开提供了一种基于多级质谱技术鉴定糖链混合物的方法，该方法包括以下步骤：根据糖链混合物的一级实验谱，确定与一级实验谱中母离子峰对应的多个候选糖链分支结构；根据多个候选糖链分支结构，通过排列组合方法生成多种候选糖链组合；对每一种候选糖链组合内所有候选糖链分支结构的二级以上理论谱进行加和，得到每一种候选糖链组合的二级以上理论谱；根据每一种候选糖链组合的二级以上理论谱和糖链混合物的二级以上实验谱的相似度，确定糖链混合物中最可能存在的目标糖链组合。
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公开(公告)号：CN104951673B
公开(公告)日：2018-03-30
申请号：CN201510346396.X
申请日：2015-06-19
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明涉及分子生物学领域的基因组序列拼接领域，本发明提出一种基因组酶切图谱拼接方法及系统，该方法包括对所述基因组酶切图谱中基因序列分子进行预处理操作，获取新基因序列分子，将所述新基因序列分子切成FLES片段，其中所述FLES片段为片段总长固定且无需具有相同酶切位点数目的基因片段；对所述FLES片段进行聚类，生成代表FLES集合，根据所述代表FLES集合对所述基因序列分子进行纠错；根据所述代表FLES集合与纠错后的所述基因序列分子，构建FLES图，对所述FLES图进行路径搜索，获取所述FLES图的汉密尔顿路径为所述基因组的酶切位点序列，以完成基因组酶切图谱拼接。本发明能够快速、准确地构建基因组的酶切位点图谱。
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公开(公告)号：CN104951672B
公开(公告)日：2017-08-29
申请号：CN201510346970.1
申请日：2015-06-19
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G06F19/22
Abstract: 本发明涉及生物信息技术和计算生物学领域，特别涉及一种第二代、三代基因组测序数据联用的拼接方法及系统，该方法包括获取第二代基因组测序数据，通过所述第二代基因组测序数据中部分碱基序列reads的质量信息，对所述第二代基因组测序数据进行预处理，构建de Brui jn图；对所述de Brui jn图进行测序错误处理，生成新的de Brui jn图，对所述新的de Brui jn图进行压缩，生成压缩de Brui jn图，获取所述压缩de Brui jn图中压缩边的序列重数；获取第三代基因组测序数据，将所述第三代基因组测序数据回帖到所述第二代基因组测序数据的单分子图gapped fragments上，通过最优排布拆解压缩de Brui jn图，并填充最优排布之间的空隙，以完成基因组测序数据的拼接。
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公开(公告)号：CN104951673A
公开(公告)日：2015-09-30
申请号：CN201510346396.X
申请日：2015-06-19
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明涉及分子生物学领域的基因组序列拼接领域，本发明提出一种基因组酶切图谱拼接方法及系统，该方法包括对所述基因组酶切图谱中基因序列分子进行预处理操作，获取新基因序列分子，将所述新基因序列分子切成FLES片段，其中所述FLES片段为片段总长固定且无需具有相同酶切位点数目的基因片段；对所述FLES片段进行聚类，生成代表FLES集合，根据所述代表FLES集合对所述基因序列分子进行纠错；根据所述代表FLES集合与纠错后的所述基因序列分子，构建FLES图，对所述FLES图进行路径搜索，获取所述FLES图的汉密尔顿路径为所述基因组的酶切位点序列，以完成基因组酶切图谱拼接。本发明能够快速、准确地构建基因组的酶切位点图谱。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN104965020B
公开(公告)日：2017-07-21
申请号：CN201510290301.7
申请日：2015-05-29
Applicant: 中国科学院计算技术研究所 , 中国科学院生物物理研究所
IPC: G01N27/62
Abstract: 本发明提供一种多级质谱生物大分子结构鉴定方法，包括：1)获得样品的二级质谱作为当前质谱；2)在当前质谱中，选择产生下一级质谱的离子，基于所选择的离子进行质谱实验获得所述下一级质谱；3)使用层次贝叶斯模型将所述当前质谱的后验概率以先验概率的方式代入所述下一级质谱，进而对每个候选结构对应的理论质谱进行谱谱比对打分；4)如果无法根据当前的谱谱比对打分结果得出唯一的匹配结构，则将所述下一级质谱作为当前质谱，重复步骤2)进行下一级的质谱分析，直至得出唯一的匹配结构。本发明能够提升生物大分子结构尤其是糖结构同分异构体的鉴定准确度；能够显著降低多级质谱鉴定的开销，例如花费较少的样品量及鉴定时间。
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公开(公告)号：CN105758928A
公开(公告)日：2016-07-13
申请号：CN201610109049.X
申请日：2016-02-26
Applicant: 中国科学院计算技术研究所 , 中国科学院生物物理研究所
IPC: G01N27/62
CPC classification number: G01N27/62
Abstract: 本发明公开了一种糖结构鉴定方法及糖结构鉴定装置，所述糖结构鉴定方法包括：步骤一：利用多级质谱信息进行待测糖结构谱峰对应的子结构预测，所述子结构作为对应谱峰的候选子结构；以及步骤二：利用De Novo糖结构鉴定技术，根据质谱谱峰对应的候选子结构组装出完整的糖结构。本发明基于糖结构多级质谱数据，采用De Novo糖结构鉴定技术，实现糖结构的鉴定，实现了多级质谱De Novo糖结构鉴定算法，通过有效的利用多级质谱信息，不仅显著提高了De Novo过程中枚举糖结构片段的效率，而且明显缩小了糖候选结构集合。
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公开(公告)号：CN105758928B
公开(公告)日：2019-04-30
申请号：CN201610109049.X
申请日：2016-02-26
Applicant: 中国科学院计算技术研究所 , 中国科学院生物物理研究所
IPC: G01N27/62
Abstract: 本发明公开了一种糖结构鉴定方法及糖结构鉴定装置，所述糖结构鉴定方法包括：步骤一：利用多级质谱信息进行待测糖结构谱峰对应的子结构预测，所述子结构作为对应谱峰的候选子结构；以及步骤二：利用De Novo糖结构鉴定技术，根据质谱谱峰对应的候选子结构组装出完整的糖结构。本发明基于糖结构多级质谱数据，采用De Novo糖结构鉴定技术，实现糖结构的鉴定，实现了多级质谱De Novo糖结构鉴定算法，通过有效的利用多级质谱信息，不仅显著提高了De Novo过程中枚举糖结构片段的效率，而且明显缩小了糖候选结构集合。
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公开(公告)号：CN104965020A
公开(公告)日：2015-10-07
申请号：CN201510290301.7
申请日：2015-05-29
Applicant: 中国科学院计算技术研究所 , 中国科学院生物物理研究所
IPC: G01N27/62
Abstract: 本发明提供一种多级质谱生物大分子结构鉴定方法，包括：1)获得样品的二级质谱作为当前质谱；2)在当前质谱中，选择产生下一级质谱的离子，基于所选择的离子进行质谱实验获得所述下一级质谱；3)使用层次贝叶斯模型将所述当前质谱的后验概率以先验概率的方式代入所述下一级质谱，进而对每个候选结构对应的理论质谱进行谱谱比对打分；4)如果无法根据当前的谱谱比对打分结果得出唯一的匹配结构，则将所述下一级质谱作为当前质谱，重复步骤2)进行下一级的质谱分析，直至得出唯一的匹配结构。本发明能够提升生物大分子结构尤其是糖结构同分异构体的鉴定准确度；能够显著降低多级质谱鉴定的开销，例如花费较少的样品量及鉴定时间。
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公开(公告)号：CN104951672A
公开(公告)日：2015-09-30
申请号：CN201510346970.1
申请日：2015-06-19
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G06F19/22
Abstract: 本发明涉及生物信息技术和计算生物学领域，特别涉及一种第二代、三代基因组测序数据联用的拼接方法及系统，该方法包括获取第二代基因组测序数据，通过所述第二代基因组测序数据中部分碱基序列reads的质量信息，对所述第二代基因组测序数据进行预处理，构建de Brui jn图；对所述de Brui jn图进行测序错误处理，生成新的de Brui jn图，对所述新的de Brui jn图进行压缩，生成压缩de Brui jn图，获取所述压缩de Brui jn图中压缩边的序列重数；获取第三代基因组测序数据，将所述第三代基因组测序数据回帖到所述第二代基因组测序数据的单分子图gapped fragments上，通过最优排布拆解压缩de Brui jn图，并填充最优排布之间的空隙，以完成基因组测序数据的拼接。
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