本实用新型公开了一种水文加密遥测系统，包括遥测加密终端机、远程控制中心，遥测加密终端机、远程控制中心之间通过网络通信连接，遥测加密终端机内设有加密遥测控制器，加密遥测控制器上集成有数据采集单元、数字加密单元、数据传输单元、网络通信单元；远程控制中心设有加解密控制单元，所述加解密控制单元通过SDK秘钥验证对发出的执行命令进行加密，通过SDK秘钥验证对接收的加密数据进行解密；所述数字加密单元通过SDK秘钥验证对接收的执行命令进行解密，通过SDK秘钥验证对接收的采集数据进行解密。远端控制中心与水文遥测终端机之间采用加密数据包进行数据传输，形成数字秘钥链路系统，有效隔绝外部入侵，保障数据传输的安全性。