本实用新型公开了一种基于fNIRS和BSDS的BCI‑TMS双向神经调控系统，包括fNIRS信号采集模块、处理模块、TMS模块和康复外设模块，处理模块，接收fNIRS信号采集模块采集的fNIRS信号，并根据fNIRS信号生成第一控制指令或第二控制指令，第一控制指令被发送至TMS模块，第二控制指令被发送至康复外设模块；TMS模块，接收第一控制指令并对目标脑区进行经颅刺激；康复外设模块，接收第二控制指令并辅助患者康复训练，本实用新型使用fNIRS信号采集模块和TMS模块配合实现神经双向调控，弥补现有脑机接口缺陷，fNIRS信号的脑机接口对身体运动有更高的容忍度，更适用于运动等实际生活能力的康复。