本实用新型涉及基于PCR扩增的操作组合柜。本实用新型包括标本制备模块、PCR扩增模块和试剂制备模块，所述标本制备模块包括标本制备间、底部风腔、侧部风腔和第一顶部风腔，所述标本制备间设置有标本制备操作窗口，所述标本制备间设置有第一进风口和标本制备区，所述第一顶部风腔在内部设置有第一抽风装置和第一消毒过滤装置，所述第一顶部风腔在上面设置有与所述操作柜外部连通的上风道出风口，所述第一顶部风腔在下面设置有与所述标本制备间内部连通的下风道出风口。相对于现有技术，本实用新型使洁净气体充满整个标本制备间的内部，从而使样品和试剂不被污染，进而防止标本制备间内的样品间出现交叉污染。