本实用新型提供一种海藻糖生产系统，所述海藻糖生产系统包括一控制器，以及依次连通的清洗装置、粉碎装置、旋流分离装置、催化灭酶装置、脱色装置、离交系统、浓缩装置、结晶装置及干燥装置。本海藻糖生产装置将淀粉浆液和海藻糖的制备装置集合于一身，具备淀粉浆液制备与海藻糖制备功能，自动化程度高，使用方便，使得海藻糖生产与现有技术相比，无需将淀粉浆液干燥成淀粉，再将淀粉糊化成淀粉浆液，减少了生产操作，简化了生产步骤，既大大提高了生产效率，又降低了生产成本。