本实用新型属于医疗器械技术领域，具体提供了一种便携式呼吸门控系统，将呼吸波采集器贴附于目标对象表面以采集呼吸运动的加速度信号，然后将所述加速度信号依次进行滤波去噪及基线去除处理得到纯净加速度信号；再将所述纯净加速度信号进行傅里叶变换得到频域加速度信号；对所述频域加速度信号进行二次积分得到频域位移信号，然后将所述纯净频域移信号进行傅里叶逆变换得到时域位移信号；最后将所述时域位移信号转化为门控信号并输出至磁共振上位机。该系统结构紧凑并集成于一个整体，体积小，操作方便且兼容性高，只需将系统的信号采集端贴附于病人腹部即可采集呼吸波，然后通过光纤或无线方式将门控信号传输至磁共振上位机即可。