本实用新型公开了一种结构单元类零件高周疲劳专用夹具，包括下夹具主体、凹槽、定位夹具、预留长板和螺栓；凹槽开设于下夹具主体顶部的两侧；定位夹具固定设置于下夹具主体的顶部，并与凹槽错开设置，且通过螺栓与下夹具主体固定连接；预留长板设置于下夹具主体顶部的一侧；螺栓分别设置于定位夹具的左右两侧，且穿设于下夹具主体和定位夹具的螺孔。本实用新型的结构单元类零件高周疲劳专用夹具可以在不同频率下进行高周疲劳测试，确保在高周疲劳测试过程中结构单元类零件不发生相对位移和滑动。本专用夹具结构简单，使用方便，可操作性强。