本发明公开了一种鉴别等位基因的方法。该方法是以待测样品的DNA为模板，用待检测目的基因的一个或一个以上突变位点对应的等位基因的引物组和不具有5′→3′外切核酸酶活性的DNA聚合酶，进行多重PCR扩增包括突变位点在内的待测目的基因的等位基因片段，将得到的多重PCR扩增产物与通用芯片杂交，根据杂交结果确定是哪种等位基因；所述引物组包括一种通用引物，和用于扩增每种目的基因的每个突变位点对应的两种等位基因特异性引物和一种共用引物；所有的等位基因特异性引物中每种引物的5′端均连接有不同的Tag序列；所述通用芯片包括若干种Tag探针，所述Tag探针与所述Tag序列相同，其中，每一种Tag探针只与多重PCR产生的互补序列杂交结合。