一种通过指纹进行身份认证的银行综合业务系统及认证方法，包括银行的中心业务局域网和营业网点局域网；中心业务局域网中包括综合业务主机；营业网点局域网中包括前置机、柜台业务终端；中心业务局域网经通讯链路与营业网点局域网连接，柜台业务终端上连接指纹仪；前置机存放指纹签约信息表；中心业务局域网中设有指纹服务器，该指纹服务器中设有指纹数据库；身份认证方法包括输入指纹数据；经过指纹数据处理服务器对比验证等步骤。本发明采用指纹身份认证手段大大减少了原有系统所存在的安全漏洞，避免了密码的泄漏、遗忘等问题，对原有综合业务系统只做了较小的修改，简化了操作，适应银行目前使用的各种软硬件环境。