本发明公开了一种富含碱性蛋白且蛋白消化性良好的婴幼儿配方奶粉及其制备方法，属于乳制品制备技术领域。本发明是先将新鲜牛乳脱脂、除菌后进行碱性蛋白相转移，并通过微滤膜过滤将碱性蛋白富集至乳清相，乳清相经超滤和电渗析进一步除盐并浓缩，形成无菌浓缩后的富含碱性蛋白的活性乳清；浓缩后的活性乳清经阳离子交换柱分离得到去除碱性蛋白的活性乳清，随后洗脱阳离子交换柱得到碱性蛋白相，并对其进行除盐；微滤膜过滤截留液经乳杀后与去除碱性蛋白的活性乳清以及其他营养素进行调配、均质、料杀和浓缩，形成婴儿配方乳液；最终将婴儿配方乳液与碱性蛋白相在线混合后进行喷雾干燥，得到富含碱性蛋白且蛋白消化性良好的婴幼儿配方奶粉。