本发明公开了一种全自动甲基化基因制备工作站及其工作方法，所述制备工作站包括：架体，包括底板，以及与所述底板连接的立架；摇匀刺穿位，安装在所述底板上且与所述立架连接，用于对采集管内样本摇匀，并将样本排出至存放器皿中；移液位，与所述立架连接，用于将存放器皿内的样本吸取，并移动至工作台内放置的试管内，样本包括粪便；工作台，安装在所述底板上，用于放置试管；纯化位，与所述立架连接，用于纯化放置在试管内的样本。本发明通过设计摇匀刺穿位对采集管内样本摇匀，并将样本排出至存放器皿中，通过移液位将存放器皿内的样本吸取，并移动至工作台内放置的试管内，最终再由纯化位完成对试管样本的纯化工作，进而完成制备。