本发明涉及一种超高效液相色谱输液系统及压强波动控制方法，控制方法应用在其中的超高效液相色谱输液系统，而该输液系统在入口单向阀、吸液泵、出口单向阀、系统泵之间建立管路连通关系，并在连接系统泵与泵后系统的管路上设置一个压力采集装置以进行压强信号采集，将所获压强信号传送给控制器，再通过控制器根据压强波动非实时操控吸液泵和系统泵，达到了调节吸液泵的压缩体积和系统泵内液体降温后的补偿体积效果，从而不用逐一校正单向阀开启时间、单向阀关闭时间、电机启动延迟、电机停止延迟、流路延迟等实际存在的非理想情况，节约了控制和制作成本。