本发明公开了一种直线电机制动结构及基于该结构的制动系统，包括定子铁芯、制动绕组及短接铜排；沿定子铁芯的长度方向设置有与制动绕组配合的卡线槽，所述短接铜排与所述制动绕组连接；所述制动绕组整体为4Y绕组，且4Y绕组中的每Y绕组首、尾短接成Y型；本方案适用范围广，制动距离短，创新性解决超高速直线电机制动难题。目前已投入运行的直线电机最高速度600km/h左右，多为几十公里的长线，有足够的制动线路，且多采用回馈制动方式，制动减速度较小。本提案所述结构能够实现将1500km/h运行的几百公斤的物体在几百米范围内平稳减速停车，并且该制动系统可根据制动初始速度需求，灵活搭配设置制动区间，实现全域制动。