本申请提供一种深度可调的内孤立波作用力测量系统及测量方法，所述测量系统包括实验水池、造波机构、消波机构、水下目标及测量装置，测量装置包括第一测量部、第二测量部、作用力传递部及支撑结构；第一测量部包括上连杆、第一测力计、第一下连杆和第二下连杆，第二下连杆的下端与水下目标固定连接于其质心处且第二下连杆的下端至上连杆的上端的距离可调；第二测量部包括前连杆、第二测力计及后连杆；作用力传递部包括连接部及虚接部，其中，虚接部具有沿竖直方向贯通的虚接通道，上连杆、第一下连杆、第二下连杆中的一个穿过虚接通道并与虚接部虚接。本申请提供的测量装置，能够对水下目标在不同深度所受的内孤立波作用力进行精确测量。