本发明属于储能优化配置技术领域，具体涉及一种含电氢储能微电网的双层优化配置方法，步骤包括对微电网中的确定性分布式电源、不确定性分布式电源进行建模；对与微电网系统相关的碳交易机制进行建模；考虑源荷不确定性，进行源荷不确定性场景生成，并得到典型性场景；以等年值综合成本最小为目标，建立上层优化模型；以年运行成本、碳交易成本和年弃电成本之和最小为目标，建立下层优化模型；引入改进乌燕鸥算法，对由上层优化模型和下层优化模型组成的双层优化模型进行求解，获得最优的配置结果。本发明能够完成含电氢储能的微电网低碳经济双层优化配置，提高了微电网的能源利用效率，提升了微电网的运行灵活性和响应能力。