本发明公开了一种变电站光伏系统发电量与站用电负荷匹配的控制系统及控制方法，属于变电站综合能源利用技术领域。控制系统包括屋顶光伏系统、站用电系统和源荷匹配控制器；屋顶光伏系统包括并网柜和多个光伏模块，实现分组发电控制；站用电系统包括经常性负荷、断续性负荷和可调节负荷；源荷匹配控制器包括发电控制模块、负荷控制模块和换算模块；发电控制模块用于控制主路并网断路器的通断及光伏模块的发电功率；负荷控制模块用于控制进线回路和光伏回路的通断及用电负荷模块的负荷电流。本发明的控制系统结构简单清晰，通过源荷匹配控制器实现屋顶光伏系统发电量与站用电系统负荷的实时匹配，提升站用电系统绿电电源的消纳比例。