一种基于探针的混合远程验证方法及系统，包括以下步骤：步骤1，在安全关键应用中插入探针，专用编译器自动识别和扩展控制相关变量和语义关键变量，生成控制流图；步骤2，通过伪随机遍历内存地址生成标准静态测量值，通过控制流图生成标准控制流测量值；步骤3，根据控制流图和标准测量值生成质询信息，根据验证方的质询生成静态测量值和控制流测量值，证明方通过探针捕获关键变量信息，生成关键数据完整性测量值；步骤4，将静态测量值、控制流测量值和关键数据完整性测量值汇总成在线测量报告发送给验证方；步骤5，验证方将在线测量报告与离线标准值进行比对，证明应用未遭受攻击。解决了控制流证明效率低且没有验证关键数据完整性的问题。