本发明涉及一种具备保护用户笔迹特征的电磁签名方法，包括：S1、捕捉用户签名时的笔迹维度信息，生成原始轨迹数据，再将原始轨迹数据发送给加密芯片；S2、加密芯片对原始轨迹数据进行加密处理，生成轨迹密文，将轨迹密文保存于无纸化系统中，当需要进行签名比对时，将轨迹密文进行解密得到原始轨迹数据，对签名者的书写过程进行还原，通过识别签名者的轨迹特征进行用户身份比对；S3、加密芯片对原始轨迹数据进行加密处理，对笔迹的输出特征进行处理，剥离生物特征信息，形成无特征签名数据，无特征签名数据在屏幕上生成与原始签名样式一致但不含生物特征的签名。本发明有效防止了笔迹特征的复制、模仿及数据篡改，显著提升了电子签名的安全等级与真实性的不可复制性。