本发明涉及一种多通道主从式燃气轮机控制系统，包括：多个控制通道，所述控制通道包括：控制主站与多个控制从站，单个控制通道内所述控制主站与多个控制从站通信连接，多个控制通道的控制主站相互通信连接；所述控制主站包括：主站控制单元和主站处理单元，所述主站控制单元与主站处理单元通信连接，多个通道的主站处理单元相互通信连接，单个控制通道内所述主站控制单元与多个控制从站通信连接；单个控制通道的主站控制单元能够根据控制通道优先级，确定当前控制通道处于热备状态或主控状态。本发明在运行时主控状态的控制通道的控制主站检测出故障会自动切换至无故障的控制通道，故障的控制通道可以不停机在线维护，实现长期可靠工作。