本发明公开了分子检测技术领域，具体涉及一种用于肉牛血统鉴定的液相芯片及设计方法、应用，该液相芯片的基因分型对象包括16690个SNP位点，该液相芯片包括一套用于检测16690个SNP位点的核苷酸探针，16690个SNP位点的物理位置是基于海福特牛参考基因组的全基因组序列比对确定的；海福特牛参考基因组的全基因组序列的版本号为GCF_002263795.3；16690个SNP位点如表1中的s00001‑s16690所示；肉牛包括以下品种：安格斯牛、中国草原红牛、海福特牛、红安格斯牛、西门塔尔牛、利木赞牛、延边牛、蒙古牛和延黄牛。本发明的液相芯片能够实现对肉牛进行血统鉴定。