本发明属于能源控制技术领域，提供了一种微生物燃料电池的参数优化控制方法及系统；其中，微生物燃料电池的参数优化控制方法包括：获取微生物燃料电池的数学模型，考虑趋近律，构建微生物燃料电池的固定时间滑模控制器；采用改进的斑马算法得到固定时间滑模控制器的最优控制参数，得到微生物燃料电池的最大输出电压；其中，所述改进的斑马算法采用引入圆周映射的混沌映射进行种群初始化，引入基于正切变换的自适应权重因子更新先锋斑马的位置，动态调整搜索步伐，直到迭代完成得到最优控制参数。