本发明属于吸附剂技术领域，具体涉及一种磷酸锆基复合材料及其制备方法和应用。本发明提供了一种磷酸锆基复合材料的制备方法，包括以下步骤：将可溶性锆源、水合磷酸盐和矿化剂混合，经过热结晶，得到所述磷酸锆基复合材料；所述水合磷酸盐中的结晶水个数为≥2个。在本发明中，采用含有2个以上结晶水的水合磷酸盐作为原料，所得到的复合材料对于水体系或细胞培养基中的铵均具有较高的去除效率；且得到的复合材料具有良好的生物相容性，对体系的pH影响微小，能够多次循环使用。