本发明公开了机载导航系统的滤波参数重构方法、系统、设备与介质，涉及导航技术领域，包括步骤：获取机载导航系统中扩展卡尔曼滤波的组合导航滤波参数；对初始姿态角进行对准，并获取对准时惯导的角速度和加速度，根据对准时惯导的角速度与设定角速度阈值进行大小判定，去除对准时惯导的角速度大于设定角速度阈值的无效角速度和加速度；利用无效角速度和加速度后的剩余角速度和加速度进行Allan方差估计，获得重置的组合导航滤波参数，并获得滤波参数重构结果。本发明无需在飞行中进行自适应调整参数，通过初始姿态角的校准和去除无效数据，提高组合导航滤波参数的精度和组合导航的滤波收敛性，大大降低了对弹载计算机计算能力的要求。