本发明公开了基于故障电流综合谐波特征的光伏场站集电线路保护方法，属于电力系统继电保护领域，包括：分析光伏场站集电线路的故障电流对应的暂态谐波特征；基于集电线路故障时刻的暂态电流通过FFT算法确定不同频次的谐波电流，基于不同频次的谐波电流及对应的谐波权值计算综合谐波保护量；基于预设数据窗口内的暂态电流通过改进FFT算法提取高次谐波电流，基于高次谐波电流结合谐波权值构建综合保护启动判据；基于暂态谐波特征对综合谐波保护量和基波电流进行整定构建综合动作保护判据；结合综合保护启动判据和综合动作保护判据对光伏场站集电线路进行保护。本方案通过结合集电线路的故障电流的谐波来构建保护判据，提高了集电线路的安全性。